El Fondo para el Desarrollo (Fondes) solicitó el concurso de Alas Uruguay y le reclamó el pago de los US$ 15 millones que le fue "prestado" para el funcionamiento de la compañía aérea. Los representantes de la empresa, Sabrina Acevedo, Nicolás de los Santos y Jorge Tabaré Bonino se opusieron al planteo del Fondes, al señalar que no es verdad que el pasivo de Alas Uruguay supere su activo.
El 15 de mayo de 2014, la Junta Directiva del Fondes aprobó afectar como máximo la suma de US$ 15 millones a favor de la empresa Alas Uruguay. El dinero fue desembolsado por etapas en función del cumplimiento de objetivos por parte de la compañía aérea. Al entender que Alas Uruguay dejó de funcionar a fines de diciembre de 2016, la Junta Directiva del Fondes instruyó el inicio de las acciones judiciales tendientes a la declaración de concurso de la empresa. El pedido del Fondes se basa en que, el 26 de diciembre de 2016, se cumplieron 60 días desde el cese de actividades de la empresa, «siendo este un hecho público y notorio».
El Fondes también considera que se configuró la causal de insolvencia relativa, el cual prevé que cuando exista un pasivo superior al activo, se puede solicitar la declaración de concurso. Alas Uruguay se opuso a la declaración del concurso judicial solicitada. «El peticionante argumenta exclusivamente dos extremos para fundar su solicitud de concurso necesario. Ninguno de dichos extremos es veraz». Sostuvieron que «nunca» se le revocó a Alas Uruguay la autorización de operador comercial (AOC) por parte de la Dinacia.
En sus descargos ante el pedido de concurso del Fondes, Alas Uruguay sostiene que la empresa continúa con parte de su actividad prestando servicios de hangaraje en el Aeropuerto de Carrasco. El escrito de los representantes de la empresa recuerda al juez de Concursos que Alas Uruguay carece de embargos, que no tuvo cheques devueltos y que el patrimonio de la compañía está integrado por «un alto valor intangible contenido en la vigencia de rutas, el AOC y OMA (Organización Mantenimiento Aprobado)». Y enseguida agrega: «Por ende, la afirmación de que nuestro pasivo es superior al activo no es correcta».
